ここ最近、サーバOSとしてWindows Server 2003を使うこともめっきり減ってきました。
世の中のWindows Server （以下 WS) メインストリームは既に2008に変わっています。
しかも R2。
私も構築することが多くなりました。
で、構築していて気が付いたのが、WS 2008 R2 (2008を含む）のブートパーティーション容量。
NTやWS2000、WS2003では結構タイトな容量の確保でも大丈夫でしたが、WS 2008はブートパーティーションの容量増加が半端なく多い。
webで調べてみると、同じような疑問がかなりの数ありました。
どうも原因はアプリケーションやコンポーネット管理方法がvistaや2008から変更されていることによることみたいです。
細かいことはwebで調べるといくつも出てきますので割愛しますが、Windows Updateを実行したり、ServicePackを適用すると、c:\windows\winsxsというフォルダがかなり大きくなります。
最初、特に意識せず、Cドライブを40GBで確保し、ちょっと多すぎるかななんて思ってましたが、知らない内に空き容量が心許なくなってきました。
まだ結構空いてますが、将来のことを考えて対策を調査した結果、以下の内容が見つかりました。

WS 2008以前のwindows OSではサービスパック適用時にバックアップを取得するか、しないかを選択できましたが、WS 2008では自動的にバックアップされます。
このバックアップを削除するコマンドを入力します。
WS 2008 (R2ではない）の時は compcln.exeというコマンドでこのファイルを削除できました。
WS 2008 R2 では削除用コマンドが変更されており、DISM.exeというコマンドでこのバックアップファイルを削除できます。
使用方法はコマンドプロンプトを立ち上げ


と入力します。
ホストの状態にもよりますが、大体2GB前後ほど削除されるようなので、もしブートパーティーションの空きが少ない場合、試してみては如何でしょうか。
サービスパックが適用されていないマシンの場合、あまり容量を確保できない可能性があります。
ちなみにこれを実行してしまうとService Packがアンインストールできなくなりますので、安定化しているマシンのみ実行をお薦め。